| TFTB46 |
Avancerad bioinformatik, 6 hp
/Advanced bioinformatics/
För:
KeBi
TB
|
| |
Prel. schemalagd
tid: 48
Rek. självstudietid: 112
|
| |
Utbildningsområde: Naturvetenskap
Huvudområde: Kemisk biologi, Teknisk biologi Nivå (G1,G2,A): A
|
| |
Mål:
IUAE-matris
Inom molekylärbiologin har bioinformatik blivit ett viktigt verktyg för att kunna hantera och dra nytta av de stora mängder värdefulla data som produceras. Datoriserad analys har en roll som både ett stöd för laborativa projekt och ett sätt att extrahera kunskap från befintliga datamängder. Den snabbt ökande mängden information gör dock att det ställs nya krav på att automatisera och göra analyser storskaliga. Den här kursen syftar till att introducera tekniker för att möta denna utmaning. De ämnen som kursen tar upp har många användningsområden, men vi hämtar exempel från bioinformatiken.
Efter väl inhämtad kurs ska du kunna:
- Arbeta i Unix
- Strukturera information för effektiv datorbehandling
- Använda skriptspråk för att lösa bioinformatikproblem
- Använda kodbibliotek inom området för att underlätta programmeringen
- Skapa automatiserade pipelines av olika program.
|
| |
Förkunskaper: (gäller studerande antagna till program som kursen ges inom, se 'För:' ovan)
Biokemi, Cellbiologi, Mikrobiologi, Genteknik och molekylärgenetik, Bioinformatik
OBS! Tillträdeskrav för icke programstudenter omfattar vanligen också tillträdeskrav för programmet och ev. tröskelkrav för progression inom programmet, eller motsvarande.
|
| |
Organisation:
Undervisningen består av föreläsningar och praktiska laborationer. Föreläsningarna presenterar bakomliggande teori och användningsområden. De praktiska laborationsmomenten syftar till att exemplifiera och fördjupa kunskapen på realistiska problem och frågeställningar.
|
| |
Kursinnehåll:
Att arbeta i Unix, introduktion till Python, God praxis för vetenskaplig programmering. Viktiga moduler för vetenskaplig programmering, terminologi i bioinformatik, databaser och viktiga programpaket/metoder.
|
| |
Kurslitteratur:
Practical computing for biologists, Steven H.D. Haddock
Vetenskapliga artiklar.
|
| |
Examination: |
UPG1
LAB1
|
Inlämningsuppgift (U,G)
Laboration (U,G)
|
3 hp
3 hp
|
| |
|
|