| TDDD74 |
Databaser för bioinformatik, 6 hp
/Databases for Bioinformatics/
För:
MED
TB
|
OBS! |
Får ej ingå i examen samtidigt som TDDD12
|
| |
Prel. schemalagd
tid: 46
Rek. självstudietid: 114
|
| |
Utbildningsområde: Teknik
Huvudområde: Bioteknik, Datateknik Nivå (G1,G2,A): G2
|
| |
Mål:
IUAE-matris
Kursen behandlar teoretiska och praktiska principer för lagring och återvinning av information i moderna biologiska databassystem inom bioinformatik. Efter kursen ska du:
- Förstå och kunna använda dig av de viktigaste begreppen inom textbaserad informationslagring på ett korrekt sätt.
- Kunna designa en datamodell med hjälp av EER-modellering
- Kunna designa och använda en relationsdatabas.
- Förstå den teoretiska grunden för relationsmodellen och hur denna
påverkar vad som är bra design av en databas.
- Förstå vilka filstrukturer i databashanteringssystemet som kan användas för att implementera en databas.
- Kunna grundprinciper om hur man kan indexera en databas.
- Förstå vilka problem som kan uppstå när databasen hanterar många användare och några möjliga lösningar på detta.
- Förstå hur databasen kan garantera att data är persistenta och hur detta löses med hjälp av databasåterställning och backup.
- Förstå vilka problem som kan uppstå när en användare behöver integrera information i olika databaser och några möjliga lösningar på detta.
|
| |
Förkunskaper: (gäller studerande antagna till program som kursen ges inom, se 'För:' ovan)
Grundkurs i programmering
OBS! Tillträdeskrav för icke programstudenter omfattar vanligen också tillträdeskrav för programmet och ev. tröskelkrav för progression inom programmet, eller motsvarande.
|
| |
Påbyggnadskurser
Datamodeller och databaser, avancerad kurs; data mining
|
| |
Organisation:
Föreläsningarna behandlar både teori och metodik. Vissa föreläsningar ges på engelska. Under laborationerna utförs ett antal programmeringsuppgifter som illustrerar principerna för implementering och utnyttjande av en databas. Under projektet undersöks ett antal välkända biologiska databaser och implementeras i ett system som integrerar informationen.
|
| |
Kursinnehåll:
- Principer för lagring av information: text, semi-strukturerad data, datamodeller, regler.
- Text: grundläggande begrepp inom informationsåtervinning (information retrieval), konceptuella modeller, lagringsmodeller, sökmekanismer, rankning. Semi-strukturerad data: konceptuell modell, sökmekanismer.
- Datamodeller: relationsmodell, objektmodell.
- Databaser: Principer för och använding av generella databashanteringssystem (DBMS). Metoder för datamodellering och databasdesign. Fysiska databasen. Databasspecifika datastrukturer. Frågespråk. Fleranvändarsystem: transaktioner, samtidighetskontroll, återställning. Integration av biologiska databaser.
|
| |
Kurslitteratur:
Elmasri, R. and Navathe, S. B. Fundamentals of Database Systems, 3e, 4e, 5e eller 6e upplaga, Addison Wesley.
OBS: Den 6e upplagans titel är: Database Systems - Models, Languages, Design, and Application Programming.
Artikelsamling 2015.
|
| |
Examination: |
TEN1
LAB1
|
Skriftlig tentamen (U,3,4,5)
Laborationskurs och projekt (U,G)
|
3 hp
3 hp
|
| |
|
|
|