| NBID42 |
Functional Genomics, 4 p
/
6 hp
/Functional Genomics / |
||
Prel. schemalagd
tid: 60 |
|||
|
Utbildningsområde: Naturvetenskap Ämnesgrupp: Biologi Nivå (A-D):D Huvudområde: Biologi Nivå (G1,G2,A): A |
|||
|
Mål:
Kursen syftar till att ge grundläggande kunskaper inom området funktionell genomik med tillämpningar i växter. Det första fullständiga genomet hos en blommande växt (Arabidopsis thaliana)blev tillgängligt år 2000 vilket gav upphov till möjlighet för storskalig funktionell analys. Kursen ska ge grundläggande kunskaper i följande tekniker: full length cDNA, transkriptomik, proteomik, metabolomik, T-DNA mutagenes, jäst två-hybrid systemet samt grunderna i datorbaserade verktyg som används för gen annotation i Arabidopsis thaliana. Efter avslutad kurs ska studenten kunna:
|
|||
| Förkunskaper: (gäller studerande antagna till program som kursen ges inom, se 'För:' ovan) Växt molekylärgenetik, Genomik och Bioinformatik eller motsvarande OBS! Tillträdeskrav för icke programstudenter omfattar vanligen också tillträdeskrav för programmet och ev. tröskelkrav för progression inom programmet, eller motsvarande. |
|||
| Organisation: Kursen består av föreläsningar, diskussioner av vetenskaplig litteratur, och individuella uppgifter inom bioinformatik. �-vningar på allmänna servrar och omfattande sökningar på databaser specifika för växter. Datalaborationer och seminarier är obligatoriskta. |
|||
| Kursinnehåll: Kursen ger en översikt av tekniker som används inom genomik för att identifiera och förstå genfunktion. Tillämpningar av dessa tekniker på flera växter och växt-besläktade arter (Synechocystis, Chlamydomonas) och för vissa proteinfamiljer kommer också att diskuteras. Kursen skall också ge grundläggande teoretiska kunskaper och praktisk erfarenhet av att använda specifika växt databaser. |
|||
| Kurslitteratur: Leister: Plant Functional Genomics (2005) Haworth Press (Valfri) Vetenskapliga artiklar och reviews Databaser: TAIR: http://www.arabidopsis.org/, MIPS: http://mips.gsf.de/proj/plant/jsf/athal/, ARAMEMNON: http://aramemnon.botanik.uni-koeln.de/, PPDB (http://ppdb.tc.cornell.edu/, SIGnAL: http://signal.salk.edu/cgi-bin/tdnaexpress, RIKEN: http://www.brc.riken.jp/lab/epd/Eng/, Chlamydomonas Center: http://www.chlamy.org/, Cyanosite: http://www-cyanosite.bio.purdue.edu/index.html |
|||
| Examination: | |||
| TEN1 PRA1 UPG1 |
Skriftlig examination (U,3,4,5) Seminarier och laborationer (U,G) Individuell uppgift (U,3,4,5) |
3 hp 2 hp 1 hp |
|
Undervisningsspråk är Engelska.
Institution: IFM.
Studierektor: Agneta Johansson
Examinator: Cornelia Spetea-Wiklund
Länk till kurshemsida på kursgivande institution
Ansvarig programnämnd: Kemi&Biologi
Engelsk kursplan
Kursen bedrivs på ett sådant sätt att både mäns och kvinnors erfarenhet och kunskaper synliggörs och utvecklas.
Planering och genomförande av kurs skall utgå från kursplanens formuleringar. Den kursvärdering som ingår i kursen skall därför genomföras med kursplanen som utgångspunkt.
Om inget annat anges ovan gäller betygsskala enligt avsnitt a8.5 i de gemensamma bestämmelserna.
Kursplanen gäller för 2009 enligt beslut av ansvarig programnämnd/fakultetstyrelse.
 |
||||||
| ||||||