| TFTB02 | PROTEINKEMI MED PROTEIN ENGINEERING, 20 poäng /Protein Chemistry with Protein Engineering/ För: TB4 | |
| Utbildningsområde: Naturvetenskap/teknik Ämnesgrupp: Kemi/teknik | ||
| Fördjupningsnivå: D | ||
| Mål: Kursen avser att ge fördjupade kunskaper inom proteinkemi och protein engineering. De studerande ska få insikt om hur proteiner kan modifieras med hjälp av gentekniska metoder och hur dessa proteiners egenskaper karaktäriseras. Härvid läggs stor vikt vid studiet av sambandet mellan proteiners struktur och biologiska funktion, deras kemiska och fysikaliska egenskaper och hur man med olika metoder kan utnyttja dessa för studier av proteiners funktion.Förkunskaper: Biokemi (TFKE25), Cellbiologi (TFBI 10), Mikrobiologi (TVMB 01), Genteknik och molekylärgenetik (TVCB 02)Organisation: Första delen av kursen, omfattande 5p., kommer att utgöras av grundläggande genteknik och studier av protein engineering, varvid riktad mutagenes kommer att utnyttjas för modifering av proteinstrukturen. Denna del kan även ingå i andra profilblock (som genteknik). Resterande 15 p. kommer att ägnas åt proteinkemisk teori och experimentell verksamhet. Teoristudierna kommer att ske i seminarieform. Den laborativa delen sker i stor utsträckning i projektform i nära anslutning till aktuella forskningsprojekt och kommer att ge experimentell erfarenhet av protein engineering och till studier av proteiner med moderna instrument och analysmetoder. Skriftlig litteraturuppgift med litteratursökning (datorsökning) kommer att ingå. Kursinnehåll: Teori Del 1: Preparationsmetoder för nukleinsyror, rening av DNA-fragment, inmärkning av nukleinsyrasonder, enzymologi för genkloning, plasmidbiologi, olika vektorsystem för klonering och expression, protein engineering inklusive riktad mutagenes och random mutagenes, mutationsanalys, DNA-sekvensering Del 2: Strukturmotiv hos proteiner, evolution av proteiner, DNA-igenkännande proteiner, membranproteiner, receptorproteiner, antikroppar. Förutsägelse av proteinstruktur, design av nya proteiner, proteinveckning, struktur-funktionsstudier på gentekniskt modifierade proteiner, fysikalisk-kemiska egenskaper hos proteiner, interaktion med ligander, proteiners dynamik och stabilitet, enzymkatalys. Experimentellt Del 1: Riktad mutagenes, DNA-sekvensanalys, expression och rening av klonade muterade proteiner i bakterieceller, affinitetskromatograi, Western blotting. Del 2: De proteiner som genomgått protein engineering i del 1 kommer i projektform i nära anslutning till en forskargrupp att karaktäriseras, varvid modern metodik kommer att utyttjas som t ex fluorescens-, cirkulär dikroism (CD)-, elektronspinnresonans (ESR)-spektroskopi, stopped flow kinetik, datorsimulering av proteinstrukturer, molekylmodellering. Exempel på proteinaspekter som kan studeras är proteinstabilitet, proteinveckningsmekanismen, chaperonefunktion, protein-proteininteraktion, kristallstrukturbestämning. Kurslitteratur: Aktuell vetenskaplig litteratur, laborationskompendier T.A. Brown: Gene Cloning (J.D. Watson, M. Gilman, J. Witkowski och M. Zoller: Recombinant DNA från genteknik och molekylärbiologi kursen) C. Branden och J. Tooze: Introduction to protein structure T.E. Creighton: Proteins. Structure and molecular properties | ||
| LAB1 | Projektlaboration med slutseminarium | |
| TEN1 | Två skriftliga tentamina. | |
| TEN2 | ||