| studiehandbok@lith | |
|
|
|
|
|
| NBID17 | Genteknik och bioinformatik, 10 poäng /Gene Technology and Bioinformatics/ För: biologi år 3-4 och fristående kurs | |
| Utbildningsområde: Naturvetenskap/teknik Ämnesgrupp: Biologi/kemi/teknik | ||
| Fördjupningsnivå: D | ||
| Mål: Kursens första del avser att ge kunskaper och färdigheter inom grundläggande genteknik och studier av proteinkemi ("proteomics, protein engineering"). Bioinformatikdelen avser att ge kunskaper om teorier och pratiska tillämpningar av datorbaserade metoder för analyser av DNA-sekvenser samt för studier av proteiners strukturer. I den avslutande delen ska den studerande tillägna sig praktiska och teoretiska kunskaper om avancerad genteknisk metodik. Förkunskaper: Genomgånget basblock med uppfyllda tröskelkrav (50p godkända varav minst 25p teori) samt genomgången kurs i Molekylär genetik med tillämpningar 10p eller motsvarande. Organisation: Kursen är indelad i tre ungefär lika stora avsnitt. I. Genteknik och protein engineering. Den första delen är laborativt inriktad, ger färdigheter i grundläggande gentekniska metoder. II.Bioinformatik. Undervisningen består av föreläsningar och datorövningar. Biologiska problem i form av inlämningsuppgifter som lösees med hjälp av programvaror som finns på internet. De datorbaserade övningarna redovisas skriftligt och kontakten med lärare sker framför allt över datanätet, men även vid schemalagda diskussionstillfällen/seminarier. III. Tillämpad genteknik. Föreläsningar syftar till att förtydliga och komplettera kurslitteraturen. Seminarier. Laborationen är utformad som ett projekt. Kursinnehåll: I. Preparationsmetoder för nukleinsyror, rening av DNA-fragment, inmärkning av nukleinsyrasonder, Enzymologi för genkloning, plasmidbiologi, olika vektorsystem för klonering och expression, "protein engineering" inklusive tekniker för riktad- och "random" mutagenes mutationsanalys, DNA-sekvensering. Laborativa moment omfattar Riktad mutagenes för modifiering av proteinstruktur, DNA-sekvensanalys, expression och rening av klonade muterade proteiner, affinitetskromatografi och Western blotting. II. Teori och pratiska tillämpningar av datorbaserade metoder för analys av DNA sekvenser och för studier av proteiners struktur. Databaser och databassökningar. Grundläggande sekvensanalys på DNA- och proteinnivå. Mönster i DNA-sekvenser. Proteiners domäner, sekundärstrukturer och posttranslationella modifieringar. Alignments och fylogenetisk rekonstruktioner. Metaboliska rekonstruktioner. Simulering av PCR, identifiering av restriktions endonukleaser. III. Syntes och fördjupning av tidigare inhämtade kunskaper inom ämnesområdet. Större delen av kursen ägnas åt en laboration där olika molekylärbiologiska/gentekniska tekniker tillämpas i en aktuell frågeställning. Kurslitteratur: Aktuell vetenskaplig litteratur Laborationskompendier För bioinformatikavsnittet finns kurslitteratur finns att hämta på nätet Miesfeld, R.L. 1999. Applied Molecular Genetics. Wiley-Liss. Rekommenderad kompletterande litteratur: Attwood & Parry-Smith. 1999. Introduction to Bioinformatics. Longman. Harlow. Ev. ytterligare litteratur fastställs senare | ||
| På kursen ges endast betygen godkänd och icke godkänd. | ||
Undervisningsspråk är Svenska.
| |
|
|
 |
|||||
|
|
||||||
