studiehandbok@lith
 

Tekniska högskolan vid Linköpings universitet

 
 
År : 2017
 
TFKE57 Proteomik, 6 hp
/Proteomics/

För:   KeBi   PRO  

 

Prel. schemalagd tid: 36
Rek. självstudietid: 124

  Utbildningsområde: Naturvetenskap

Huvudområde: Kemisk biologi   Nivå (G1,G2,A): A

  Mål:  IUAE-matris
Kursens syfte är att ge en bred kunskap om frågeställningar och metoder inom proteomikområdet. Många av de metodologiska grundprinciperna (gentekniska, biokemiska, analytisk-kemiska och bioinformatiska) har introducerats i tidigare kurser, men här får studenten insikt i hur de används inom ett just nu mycket expansivt forskningsfält: Global proteomkarakterisering med avseende på proteinernas förekomst, funktion, reglering, interaktioner och lokalisering i olika celltyper. Ett avsnitt om transkriptomik ingår också. För godkänd kurs ska studenten kunna
  • redogöra för proteomikfältets särart och relevans
  • beskriva och diskutera principer för och tillämpningar av moderna metoder och strategier för transkriptom- och proteomanalys
  • identifiera proteiner och peptider med hjälp av masspektra och genomdatabaser
  • sammanfatta innehållet och tolka budskapet i originallitteratur inom proteomikfältet, samt kritiskt granska densamma


  Förkunskaper: (gäller studerande antagna till program som kursen ges inom, se 'För:' ovan)
Proteinkemi, genteknik och biomätteknik. Dessutom rekommenderas grundläggande kunskaper i analytisk kemi och bioinformatik.

OBS! Tillträdeskrav för icke programstudenter omfattar vanligen också tillträdeskrav för programmet och ev. tröskelkrav för progression inom programmet, eller motsvarande.

  Organisation:
Kursen består av föreläsningar, lektioner med problemlösning och seminarieuppgifter, demonstrationer, och två hemuppgifter.

  Kursinnehåll:
Kvantitativ mRNA-analys med hjälp av bland annat DNA-mikroarrayer. Flerdimensionella proteinseparationsmetoder (2DGE, MDLC). Identifiering av proteininnehåll i celler m h a enzymatisk klyvning, MS- och MS/MS-analys samt sökning i genomdatabaser. Proteinkvantifiering baserad på bland annat isotopinmärkning och MS. Analys av posttranslationella modifieringar. Analys av proteininteraktioner med affinitietskromatografi, Y2H-metodik och proteinmikroarrayer. Karakterisering av omgivningsberoende förändringar av cellers proteininnehåll för identifiering av t ex sjukdomsmarkörer. Metaproteomik. Human Proteome Atlas.

  Kurslitteratur:
Twyman, R. M.; "Principles of Proteomics" 2nd edition. Originalartiklar.

  Examination:
TEN1 UPG1 UPG2
Skriftlig tentamen (U,3,4,5)
Inlämningsuppgifter (U,G)
Redovsining (U,G)
4 hp
1 hp
1 hp
 



Undervisningsspråk är Engelska.
Institution: IFM.
Studierektor: Magdalena Svensson
Examinator: Karin Enander
Ansvarig programnämnd: Kemi&Biologi

Engelsk kursplan


Tekniska högskolan vid Linköpings universitet


Informationsansvarig: TFK , val@tfk.liu.se
Senast ändrad: 01/20/2017