studiehandbok@lith
 

Tekniska högskolan vid Linköpings universitet

 
 
År : 2016
 
TFKE57 Proteomik, 6 hp
/Proteomics/

För:   KeBi   PRO  


OBS!

.


 

Prel. schemalagd tid: 36
Rek. självstudietid: 124

  Utbildningsområde: Naturvetenskap

Huvudområde: Kemisk biologi   Nivå (G1,G2,A): A

  Mål:  IUAE-matris
Kursens syfte är att ge en bred kunskap om frågeställningar och metoder inom proteomikområdet. Många av de metodologiska grundprinciperna (gentekniska, biokemiska, analytisk-kemiska och bioinformatiska) har introducerats i tidigare kurser, men här får studenten insikt i hur de används inom ett just nu mycket expansivt forskningsfält: Global proteomkarakterisering med avseende på proteinernas förekomst, funktion, reglering, interaktioner och lokalisering i olika celltyper. Ett avsnitt om transkriptomik ingår också. För godkänd kurs ska studenten kunna
  • redogöra för proteomikfältets särart och relevans
  • beskriva och diskutera principer för och tillämpningar av moderna metoder och strategier för transkriptom- och proteomanalys
  • identifiera proteiner och peptider med hjälp av masspektra och genomdatabaser
  • sammanfatta innehållet och tolka budskapet i originallitteratur inom proteomikfältet, samt kritiskt granska densamma


  Förkunskaper: (gäller studerande antagna till program som kursen ges inom, se 'För:' ovan)
Proteinkemi, genteknik och biomätteknik. Dessutom rekommenderas grundläggande kunskaper i analytisk kemi och bioinformatik.

OBS! Tillträdeskrav för icke programstudenter omfattar vanligen också tillträdeskrav för programmet och ev. tröskelkrav för progression inom programmet, eller motsvarande.

  Organisation:
Kursen består av föreläsningar, lektioner med problemlösning och seminarieuppgifter, demonstrationer, och två hemuppgifter.

  Kursinnehåll:
Kvantitativ mRNA-analys med hjälp av bland annat DNA-mikroarrayer. Flerdimensionella proteinseparationsmetoder (2DGE, MDLC). Identifiering av proteininnehåll i celler m h a enzymatisk klyvning, MS- och MS/MS-analys samt sökning i genomdatabaser. Proteinkvantifiering baserad på bland annat isotopinmärkning och MS. Analys av posttranslationella modifieringar. Analys av proteininteraktioner med affinitietskromatografi, Y2H-metodik och proteinmikroarrayer. Karakterisering av omgivningsberoende förändringar av cellers proteininnehåll för identifiering av t ex sjukdomsmarkörer. Metaproteomik. Human Proteome Atlas.

  Kurslitteratur:
Twyman, R. M.; "Principles of Proteomics" 2nd edition. Originalartiklar.

  Examination:
TEN1 UPG1 UPG2
Skriftlig tentamen (U,3,4,5)
Inlämningsuppgifter (U,G)
Redovsining (U,G)
4 hp
1 hp
1 hp
 



Undervisningsspråk är Engelska.
Institution: IFM.
Studierektor: Magdalena Svensson
Examinator: Karin Enander
Ansvarig programnämnd: Kemi&Biologi

Engelsk kursplan

Kursen bedrivs på ett sådant sätt att både mäns och kvinnors erfarenhet och kunskaper synliggörs och utvecklas.

Planering och genomförande av kurs skall utgå från kursplanens formuleringar. Den kursvärdering som ingår i kursen skall därför genomföras med kursplanen som utgångspunkt.

Om inget annat anges ovan gäller betygsskala enligt avsnitt a8.5 i de gemensamma bestämmelserna.

Kursplanen gäller för 2016 enligt beslut av ansvarig programnämnd/fakultetstyrelse.

Tekniska högskolan vid Linköpings universitet


Informationsansvarig: TFK , val@tfk.liu.se
Senast ändrad: 08/23/2016