NBIC38 Genomik och bioinformatik 2009

studiehandbok@lith

Tekniska högskolan vid Linköpings universitet

År : 2009

NBIC38	Genomik och bioinformatik, 6 p / 9 hp /Genomics and Bioinformatics/ För: Bio BKM
OBS!	För fullständig kursplan se den engelska versionen.
	Prel. schemalagd tid: 112 Rek. självstudietid: 128
	Utbildningsområde: Naturvetenskap Ämnesgrupp: Biologi Nivå (A-D):C Huvudområde: Biologi, Kemisk biologi Nivå (G1,G2,A): G2
	Mål: Kursens mål är att göra studenten bekant med den snabba utvecklingen inom områder genomik och bioinformatik. Kursen ger de fundamentala kunskaperna om följande tekniker*:storskalig genomsekvensering, profilering av genuttryck, proteomik, metabolomik, muteringsanalyser och den grundläggande datorbaserade sekvensanlysen. Efter kursen ska studenten kunna: förklara principerna för varje teknik som används för genomanalys kritiskt diskutera de resultat som erhållits med olika tekniker i utvalda vetenskapliga artiklar utföra sökningar efter litteratur och sekvensrelaterad information i NCBI, ExPASy och CBI servrar och i olika databaser för modellorganismer förstå och diskutera resultatet av dessa sökningar enligt ovan förutsäga lokalisering och funktion av en given proteinsekvens genom att använda datorbaserade hjälpmedel designa ett enkelt experiment för experimentell validering av givna data muntligt och skriftligt kommunicera sina resultat
	Förkunskaper: (gäller studerande antagna till program som kursen ges inom, se 'För:' ovan) Molekylärbiologi OBS! Tillträdeskrav för icke programstudenter omfattar vanligen också tillträdeskrav för programmet och ev. tröskelkrav för progression inom programmet, eller motsvarande.
	Påbyggnadskurser Funktionell genomik
	Organisation: Kursen består av föreläsningar, diskussioner av vetenskaplig litteratur, studiebesök, övningar i vanligt förekommande databaser och servrar och individuella bioinformatikprojekt. Resultatet från de individuella projekten presenteras muntligt och med en kortfattad skriftlig rapport. Obligatoriskt deltagande i datorlaborationer, studiebesök, seminarier och projektpresentationer.
	Kursinnehåll: Kursen presenterar ev överblick av de tekniker som används för gensekvensering och funktionsanalyser. Detta inkluderar masspektroskopi, mikroarrayer och muterings analyser.Kursen ger också teoretiska kunskaper och praktisk erfarenhet av att använda datorbaserade verktyg såsom Compute pI/Mw, BLAST, ClustalW, TargetP och databaser för modell organismer för djur, växter, jäst och bakterier. Ett studiebesök görs till masspektrometri och mikroarray faciliteterna vid LiU/HU.
	Kurslitteratur: Gibson and Muse: A Primer of Genome Sequence (2nd ed). Sinauer Associates Incorporated Research articles and reviews Homepage of ExPASy (www.expasy.ch), NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov) and CBS (www.cbs.dtu.dk) servers
	Examination:
TEN1 PRA1 PRA2	Skriftlig tentamen (U,G) Datalaborationer, seminarer and studiebesök (U,G) Individuell uppgift(muntlig och skriftlig redovisning) (U,G)	3 hp 3 hp 3 hp

	På kursen ges betyg Underkänd/Godkänd.

Undervisningsspråk är Engelska.
Institution: IFM.
Studierektor: Agneta Johansson
Examinator: Cornelia Spetea-Wiklund
Länk till kurshemsida på kursgivande institution
Ansvarig programnämnd: Kemi&Biologi

Engelsk kursplan

Kursen bedrivs på ett sådant sätt att både mäns och kvinnors erfarenhet och kunskaper synliggörs och utvecklas.

Planering och genomförande av kurs skall utgå från kursplanens formuleringar. Den kursvärdering som ingår i kursen skall därför genomföras med kursplanen som utgångspunkt.

Om inget annat anges ovan gäller betygsskala enligt avsnitt a8.5 i de gemensamma bestämmelserna.

Kursplanen gäller för 2009 enligt beslut av ansvarig programnämnd/fakultetstyrelse.

Tekniska högskolan vid Linköpings universitet
Informationsansvarig: TFK , val@tfk.liu.se Senast ändrad: 05/12/2009