TDDB77 Databaser och bioinformatik 2009

studiehandbok@lith

Tekniska högskolan vid Linköpings universitet

År : 2009

TDDB77	Databaser och bioinformatik, 4 p / 6 hp /Databases and Bioinformatics/ För: COM Fys MFYS TB Y
	Prel. schemalagd tid: 48 Rek. självstudietid: 112
	Utbildningsområde: Teknik Ämnesgrupp: Datalogi, Datateknik Nivå (A-D):C Huvudområde: Datateknik Nivå (G1,G2,A): G2
	Mål: Kursen behandlar teoretiska och praktiska principer för lagring och återvinning av information i moderna biologiska databassystem inom bioinformatik. Efter kursen ska du: Förstå och kunna använda dig av de viktigaste begreppen inom textbaserad informationslagring på ett korrekt sätt. Kunna designa en datamodell med hjälp av EER-modellering Kunna designa och använda en relationsdatabas. Förstå den teoretiska grunden för relationsmodellen och hur denna påverkar vad som är bra design av en databas. Förstå vilka filstrukturer i databashanteringssystemet som kan användas för att implementera en databas. Kunna grundprinciper om hur man kan indexera en databas. Förstå vilka problem som kan uppstå när databasen hanterar många användare och några möjliga lösningar på detta. Förstå hur databasen kan garantera att data är persistenta och hur detta löses med hjälp av databasåterställning och backup. Förstå vilka problem som kan uppstå när en användare behöver integrera information i olika databaser och några möjliga lösningar på detta.
	Förkunskaper: (gäller studerande antagna till program som kursen ges inom, se 'För:' ovan) Grundkurs i programmering. OBS! Tillträdeskrav för icke programstudenter omfattar vanligen också tillträdeskrav för programmet och ev. tröskelkrav för progression inom programmet, eller motsvarande.
	Organisation: Föreläsningarna behandlar både teori och metodik. Under laborationerna utförs ett antal programmeringsuppgifter som illustrerar principerna för implementering och utnyttjande av en databas. Under projektet undersöks ett antal välkända biologiska databaser och implementeras i ett system som integrerar informationen.
	Kursinnehåll: Principer för lagring av information: text, semi-strukturerad data, datamodeller, regler. Text: grundläggande begrepp inom informationsåtervinning (information retrieval), konceptuella modeller, lagringsmodeller, sökmekanismer, rankning. Semi-strukturerad data: konceptuell modell, sökmekanismer. Datamodeller: relationsmodell, objektmodell. Databaser: Principer för och använding av generella databashanteringssystem (DBMS). Metoder för datamodellering och databasdesign. Fysiska databasen. Databasspecifika datastrukturer. Frågespråk. Fleranvändarsystem: transaktioner, samtidighetskontroll, återställning. Integration av biologiska databaser.
	Kurslitteratur: Elmasri & Navathe, Fundamentals of Database Systems, 4e eller 5e upplagan, 2004/2007. Artikelsamling 2009.
	Examination:
TEN1 LAB1	Skriftlig tentamen (U,3,4,5) Laborationskurs och projekt (U,G)	3 hp 3 hp

Undervisningsspråk är Svenska.
Institution: IDA.
Studierektor: Lena Strömbäck
Examinator: Patrick Lambrix
Länk till kurshemsida på kursgivande institution
Ansvarig programnämnd: Kemi&Biologi

Engelsk kursplan

Kursen bedrivs på ett sådant sätt att både mäns och kvinnors erfarenhet och kunskaper synliggörs och utvecklas.

Planering och genomförande av kurs skall utgå från kursplanens formuleringar. Den kursvärdering som ingår i kursen skall därför genomföras med kursplanen som utgångspunkt.

Om inget annat anges ovan gäller betygsskala enligt avsnitt a8.5 i de gemensamma bestämmelserna.

Kursplanen gäller för 2009 enligt beslut av ansvarig programnämnd/fakultetstyrelse.

Tekniska högskolan vid Linköpings universitet
Informationsansvarig: TFK , val@tfk.liu.se Senast ändrad: 02/06/2016