| TFTB29 |
Bioinformatik - översikt och praktiska tillämpningar, 4 p
/
6 hp
/Bioinformatics-Overview and Practical Applications/ |
||
Prel. schemalagd
tid: 34 |
|||
|
Utbildningsområde: Naturvetenskap Ämnesgrupp: Teknisk biologi Nivå (A-D):D Huvudområde: Kemisk biologi, Teknisk biologi Nivå (G1,G2,A): A |
|||
|
Mål:
Kursen ger basala kunskaper i bioinformatik, närmare bestämt om teorier och praktiska tillämpningar av datorbaserade metoder för analyser av DNA- och proteinsekvenser samt för studier av proteiners strukturer. Kursen ger också praktiska färdigheter i att använda bioinformatiska metoder för att besvara molekylärbiologiska och biotekniska frågeställningar. |
|||
| Förkunskaper: (gäller studerande antagna till program som kursen ges inom, se 'För:' ovan) Biokemi, Cellbiologi, Mikrobiologi och immunologi, Genteknik och molekylärgenetik OBS! Tillträdeskrav för icke programstudenter omfattar vanligen också tillträdeskrav för programmet och ev. tröskelkrav för progression inom programmet, eller motsvarande. |
|||
| Organisation: Undervisningen består av föreläsningar och datorövningar. En uppsättning biologiska problem i form av inlämningsuppgifter som studenterna förväntas lösa med hjälp av de programvaror och metoder som finns tillgängliga på internet. Föreläsningarna syftar till att exemplifiera och komplettera kursinnehållet. De datorbaserade övningarna redovisas skriftligt och kontakten med lärare sker dels vid schemalagda datorövningar, dels via elektronisk korrespondens. |
|||
| Kursinnehåll: Datorbaserade metoder för analys av DNA- och proteinsekvenser och för studier av proteiners struktur. Databaser och metoder för databassökningar inklusive SRS (ett användarvänligt databasgränssnitt). Sekvensjämförelser (både DNA- och proteinnivå). Flersekvensjämförelser och multipla sekvensinpassningar (alignments). Sekvensmönster samt metoder för att karakterisera dessa. Proteiners domäner. Användning av bioinformatik för funktionell karakteristik av gener och proteiner. Sekundärstrukturer och posttranslationella modifieringar. Evolution och fylogenetisk rekonstruktioner (släktträd). Proteiners tredimensionella struktur. Storskalig analys av genexpression och hantering av microarray-data. Analys av metaboliska nätverk. Delmomenten belyser både bakomliggande teoretiska modeller och biologiska och biotekniska tillämpningar av de metoder och datorprogram som presenteras. |
|||
| Kurslitteratur: Rekommenderad kurslitteratur enligt lista på kursens hemsida. Kompendier från föreläsningarna. Vetenskapliga artiklar. |
|||
| Examination: | |||
| UPG1 |
Inlämningsuppgifter (U,G) |
6 hp |
|
| På kursen ges betygen Underkänd/Godkänd. | |||
Undervisningsspråk är Svenska.
Institution: IFM.
Studierektor: Agneta Johansson
Examinator: Bengt Persson
Ansvarig programnämnd: Kemi&Biologi
Engelsk kursplan
Kursen bedrivs på ett sådant sätt att både mäns och kvinnors erfarenhet och kunskaper synliggörs och utvecklas.
Planering och genomförande av kurs skall utgå från kursplanens formuleringar. Den kursvärdering som ingår i kursen skall därför genomföras med kursplanen som utgångspunkt.
Om inget annat anges ovan gäller betygsskala enligt avsnitt a8.5 i de gemensamma bestämmelserna.
Kursplanen gäller för 2008 enligt beslut av ansvarig programnämnd/fakultetstyrelse.
 |
||||||
| ||||||